VMD - Visual Molecular Dynamics

VMD - Visual Molecular Dynamics

VMD能够处理非常大的结构,直到可用内存的限制。VMD的64位版本允许将大型和长时间的模拟轨迹加载到物理内存中,并容纳大量的体积数据集。2013年5月30日的《自然》杂志上描述了6,400万原子的HIV衣壳模拟,这是在适当配备的图形工作站上使用VMD可以完成的工作的一流示例。使用结构构建工具准备了用于模拟的HIV-1模型,然后将VMD的脚本功能用于轨迹分析。使用内部Tachyon射线跟踪引擎在VMD中渲染“自然”封面上显示的HIV-1衣壳的全部原子结构,然后将其与病毒包膜和“自然”封面文字进行艺术合成。...
vmd--visual-molecular-dynamics

分类目录

Windows版VMD - Visual Molecular Dynamics的替代品

Jmol

Jmol

Jmol是面向化学,生物化学领域的学生,教育者和研究人员的免费开放源代码分子查看器。
Rasmol

Rasmol

RasMol是为分子图形可视化编写的计算机程序,主要用于生物大分子结构的描绘和探索。
pymol

pymol

PyMOL是功能强大且全面的分子可视化产品,用于渲染和设置3D分子结构动画。