VMD能够处理非常大的结构，直到可用内存的限制。VMD的64位版本允许将大型和长时间的模拟轨迹加载到物理内存中，并容纳大量的体积数据集。2013年5月30日的《自然》杂志上描述了6,400万原子的HIV衣壳模拟，这是在适当配备的图形工作站上使用VMD可以完成的工作的一流示例。使用结构构建工具准备了用于模拟的HIV-1模型，然后将VMD的脚本功能用于轨迹分析。使用内部Tachyon射线跟踪引擎在VMD中渲染“自然”封面上显示的HIV-1衣壳的全部原子结构，然后将其与病毒包膜和“自然”封面文字进行艺术合成。...
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