Jmol

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Jmol是面向化学，生物化学领域的学生，教育者和研究人员的免费开放源代码分子查看器。
Jmol是面向化学，生物化学领域的学生，教育者和研究人员的免费开放源代码分子查看器。它是跨平台的，可在Windows，Mac OS X和Linux / Unix系统上运行。JmolApplet是可以集成到网页中的Web浏览器小程序。Jmol应用程序是在桌面上运行的独立Java应用程序。JmolViewer是一个开发工具套件，可以集成到其他Java应用程序中。
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具有任何许可的所有平台的Jmol替代品

Avogadro

Avogadro

Avogadro是一个免费的，非常易于使用的分子编辑器。
Calistry.org

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Calistry是在线化学计算器。直到日期Calistry包含70多个化学领域的计算器。网站上的所有内容完全免费使用。
Rasmol

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RasMol是为分子图形可视化编写的计算机程序，主要用于生物大分子结构的描绘和探索。
pymol

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PyMOL是功能强大且全面的分子可视化产品，用于渲染和设置3D分子结构动画。
VMD - Visual Molecular Dynamics
UCSF Chimera
RasTop
Ghemical

Ghemical

Ghemical是计算化学软件包，已根据GNU GPL许可。妖怪的作者在这里列出。