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AmigaOS的外观在很大程度上仍基于早期3.1发行版进行了一些修订,具有基于ReAction的改进的用户界面,改进的图标渲染以及对真彩色背景的官方支持。这些版本通过将这些补丁集成到系统中,包括对现有第三方GUI增强功能(例如NewIcons)的支持。3.5和3.9版本包括一组新的256个颜色图标和一组桌面墙纸。这些替代了从2.0版到3.1版的AmigaOS上使用的默认全金属灰色4/8配色方案。主要的改进是引入了一个名为AmiDock的程序启动栏,修改了系统设置的用户界面并改进了实用程序。